Ménesi Gergely első zenekari tapasztalatait a Szent István Gimnázium Szimfonikus Zenekarában szerezte, itt hegedült, később zongorázni, orgonálni tanult és több kórusban is énekelt.

Karvezetői és karmesteri diplomáit (ez utóbbit kitüntetéssel) a budapesti Liszt Ferenc Zeneakadémián szerezte meg 1994-ben és 1997-ben.

1998 májusában, Ménesi Gergely második díjat nyert a kilencedik Ferencsik János nemzetközi karmesterversenyen.

Jurij Szimonov karmesterkurzusain vett részt. A Szombathelyi Bartók Szemináriumon és Helmuth Rilling Bach és Mendelssohn kurzusán gyarapította tudását.

Ménesi Gergely első munkahelye a Miskolci Egyetem volt, itt a Bartók Béla Zeneművészeti Intézet szimfonikus zenekarát vezette és kamarazenét tanított.

A Győri Egyetemi Zenekarnak 26 év óta mind a mai napig karmestere.

2000 és 2004 között Ménesi Gergely a Váci Vox Humana Kórust vezette, emellett 2000 és 2002 között szolfézst és zeneelméletet tanított a budapesti Liszt Ferenc Zeneakadémián a vonós tanszéken.

2001 és 2006 között Ménesi Gergely a Szolnoki Szimfonikus Zenekar vezető karmestere volt. Az együttes hangversenyein magyarázataival igyekezett közelebb hozni a zenét a hallgatósághoz, a helyi televízióval karöltve koncertjein elhangzott zeneművek részleteivel komolyzenei műsorokat készített.

2006 szeptemberében nevezték ki a Pannon Filharmonikusok karmesterének, ahol rendszeresen 2009 júniusáig dolgozott.

Ménesi Gergely ezután a Zuglói Filharmónia, mai nevén Szent István Filharmonikus Zenekar karmestere lett, majd 2013 júliusától a Liszt Ferenc Zeneakadémia Szimfonikus Zenekarának vezetője. Betanítói munkája mellett a bérleti hangversenyek karmestere is. Megrendítő esemény volt a 2015. november 15-i, Kocsis Zoltán helyett való vezénylés, amely koncerten Liszt, Bartók, Dohnányi és Kodály művek csendültek fel.

Doktori disszertációját „Lajtha László egyházzenei művei”-ről írta, a DLA fokozatot 2016-ban kapta meg.

Ménesi Gergely 2018 januárjában Lajtha-díjban részesült.

2018 szeptemberétől Ménesi Gergely a Liszt Ferenc Zeneakadémia Karmester és Karvezető Tanszéken Vezényléstechnika főtárgyat tanít Medveczky Ádámmal közösen, mint habilitált egyetemi docens.

Ménesi Gergely vendégszerepelt Svédországban, Németországban, Svájcban, Erdélyben, Szlovákiában, Lengyelországban és Horvátországban.

Mindezidáig négy CD felvétele jelent meg.

1998 óta a Kassai Filharmonikus Zenekar állandó vendégkarmestere.